中国与英国在签订租借条约时，刻意保留九龙城寨的管治权，中英双方原则上尊重条约。惟日占时期，日方仅将香港视作“占领地”，没有理会九龙城寨的特殊地位，甚至为了扩建启德机场，不息拆毁城寨的围墙，挪用大石用作建筑材料。围墙拆去，中英双方设下的界线变得模糊，埋下了日后发生冲突的伏线，1948年的“九龙城事件”便是一例。
鉴于城墙已然拆除，港府认为可于九龙城寨行使管治权，于1947年11月下令清拆城寨新建的木屋，要求居民于两星期内迁出，并要求法庭颁布执行令。1948年1月，港府在反对声浪中强行拆屋，一共拆除70多间房屋，当中有不少更是历史悠久的砖屋。有指此次拆屋如火如荼，港府真正目的不在阻止违规搭建，而是尝试行使主权。此事触怒了城寨内外的街坊，民众以砖头攻击执达人员，官方则向民众开枪，造成六人伤亡，及有两人被拘捕。事件激发全国愤怒，各地示威运动此起彼落。港府眼见反抗情绪高涨，担心引起管治危机，从此不在九龙城寨拆屋。
九龙城事件后，中英双方曾就责任问题互有说法，但彼此亦有共识不再刻意管理，以免引发外交风波，港府此后也甚少主动处理城寨事务，这便是所谓的“三不管”。也因着这样的管治漏洞，大量移民涌入，赌馆、烟馆、制毒、运毒、脱衣舞等数之不尽，九龙城寨在此后几十年成了真正的罪恶之城。
