中國與英國在簽訂租借條約時，刻意保留九龍城寨的管治權，中英雙方原則上尊重條約。惟日佔時期，日方僅將香港視作「佔領地」，沒有理會九龍城寨的特殊地位，甚至為了擴建啟德機場，不息拆毀城寨的圍牆，挪用大石用作建築材料。圍牆拆去，中英雙方設下的界線變得模糊，埋下了日後發生衝突的伏線，1948年的「九龍城事件」便是一例。
鑑於城牆已然拆除，港府認為可於九龍城寨行使管治權，於1947年11月下令清拆城寨新建的木屋，要求居民於兩星期內遷出，並要求法庭頒布執行令。1948年1月，港府在反對聲浪中強行拆屋，一共拆除70多間房屋，當中有不少更是歷史悠久的磚屋。有指此次拆屋如火如荼，港府真正目的不在阻止違規搭建，而是嘗試行使主權。此事觸怒了城寨內外的街坊，民眾以磚頭攻擊執達人員，官方則向民眾開槍，造成六人傷亡，及有兩人被拘捕。事件激發全國憤怒，各地示威運動此起彼落。港府眼見反抗情緒高漲，擔心引起管治危機，從此不在九龍城寨拆屋。
九龍城事件後，中英雙方曾就責任問題互有說法，但彼此亦有共識不再刻意管理，以免引發外交風波，港府此後也甚少主動處理城寨事務，這便是所謂的「三不管」。也因着這樣的管治漏洞，大量移民湧入，賭館、烟館、製毒、運毒、脫衣舞等數之不盡，九龍城寨在此後幾十年成了真正的罪惡之城。
