中英在1898年签订《展拓香港界址专条》，条约指定九龙城寨不在租借范围内，至于原因为何，历史学家各有解读。有说是与清代租借地历史，即“人随地归”的政策有关，避免日后收回租借地时发生困难。1898同年，中方与俄方就租借旅顺与大连签订《旅大租地条约》时，已订明金州城不划入租界内，这也是为了在租约期满时顺利收回租借地的策略，相信九龙城寨的情况亦如是。
那九龙城寨于1898年后的去向如何？据悉在签订租界后，中方曾派官员与城寨的文武百官会面，除了划定界址外，亦协助交接管地。于英国接管后，九龙城寨已没有重要的清政府官员驻守，当时英方有意接管城寨，惟1900年李鸿章曾与港督会面时，指英方应尊重条约，否则后果难料，以致英方有所保留，不敢强行接管。
城寨便是以这种方式脱身于中英双方的管治，有说民国时期宝安县曾想派员管理城寨，但被港府拒绝。后来，中方军阀割据、国内动乱，更是没有人插手这座孤城，反倒国内不少人南下谋生，城寨成了避风港，人口大量流入，住屋需求大增，违规搭屋的情况无日无之，最终成了卫生状况欠佳、龙蛇混集的处所。
