中英在1898年簽訂《展拓香港界址專條》，條約指定九龍城寨不在租借範圍內，至於原因為何，歷史學家各有解讀。有說是與清代租借地歷史，即「人隨地歸」的政策有關，避免日後收回租借地時發生困難。1898同年，中方與俄方就租借旅順與大連簽訂《旅大租地條約》時，已訂明金州城不劃入租界內，這也是為了在租約期滿時順利收回租借地的策略，相信九龍城寨的情況亦如是。
那九龍城寨於1898年後的去向如何？據悉在簽訂租界後，中方曾派官員與城寨的文武百官會面，除了劃定界址外，亦協助交接管地。於英國接管後，九龍城寨已沒有重要的清政府官員駐守，當時英方有意接管城寨，惟1900年李鴻章曾與港督會面時，指英方應尊重條約，否則後果難料，以致英方有所保留，不敢強行接管。
城寨便是以這種方式脫身於中英雙方的管治，有說民國時期寶安縣曾想派員管理城寨，但被港府拒絕。後來，中方軍閥割據、國內動亂，更是沒有人插手這座孤城，反倒國內不少人南下謀生，城寨成了避風港，人口大量流入，住屋需求大增，違規搭屋的情況無日無之，最終成了衛生狀況欠佳、龍蛇混集的處所。
